Eisenstein không xem một bộ phim nào của Sinclair-Lesser. Ông tỏ ra mất hứng thú với các dự án, quãng thời gian ở phương Tây lâu dài cũng khiến ông bị ngành công nghiệp điện ảnh Xô Viết theo dõi với ánh mắt ngờ vực. Eisenstein đã có thời điểm phải tới Bệnh viện thần kinh Kislovodsk do nhiều áp lực nặng nề. Sau đó ông được điều tới làm giáo viên ở trường điện ảnh BGIK, nơi trước đây ông đã từng dạy. Eisenstein kết hôn với nhà làm phim Pera Atasheva (1900-1965) từ năm 1934 cho tới khi mất.

Năm 1935, ông tham gia một bộ phim khác là Bezhin Meadow, tuy nhiên bộ phim này cũng gặp phải các trở ngại giống với Que Viva Mexico - Eisenstein đơn phương quyết định quay hai phiên bản cho phim - một cho người lớn và một cho trẻ em, tuy nhiên kế hoạch cũng thất bại do không lên được lịch trình quay dẫn đến phí tổn quá lớn và lỡ hẹn phát hành. Chính quyền Xô Viết sau đó cũng quyết định huỷ bộ phim.

Eisenstein sau đó nhận được một cơ hội làm phim nữa từ Stalin, lần này ông chọn kịch bản về nhân vật Alexandr Nevsky. Eisenstein đã cùng Pyotr Pavlenko viết kịch bản hoàn chỉnh cho phim và chọn được những diễn viên chuyên nghiệp để đóng các vị trí; cùng với đó là trợ lý đạo diễn, Dmitry Vasiliev, để thực hiện các cảnh quay. Kết quả là bộ phim đã được giới phê bình cả ở Xô Viết lẫn phương Tây chấp nhận, bộ phim là một thông điệp cảnh báo về lực lượng phát xít Đức. Đây không những là bộ phim đầu tiên của Eisenstein sau gần một thập kỷ mà còn là bộ phim có tiếng nói đầu tiên của ông.

Không may, chỉ trong một tháng bộ phim phát hành thì chiến tranh xảy ra, khi cuộc chiến lan tới Moskva, ông và nhiều nhà làm phim khác phải rút tới Alma-Ata, tại đây ông đã nảy ra ý tưởng về một bộ phim về nhân vật Sa hoàng Ivan IV, hay Ivan Hung đế, một đề tài có thể hấp dẫn Stalin.

Bộ phim, Ivan Hung Đế, Phần I, mô phỏng Ivan IV như là một vị anh hùng dân tộc đã giành được sự chấp thuận của Stalin (giành được giải Stalin), nhưng phần tiếp theo của nó, Ivan Hung Đế, Phần II, lại không được chính quyền chấp thuận. Tất cả các đoạn phim của bộ phim chưa được hoàn thành Ivan Hung Đế, Phần III bị tịch thu và phần lớn bị tiêu huỷ.

Eisenstein bị xuất huyết và qua đời ở tuổi 50. Ông được chôn cất tại Nghĩa trang Novodevichy.